正在调查坠落在太平洋上的不明飞翔物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了忽然呈现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子规范的蜕变，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研讨机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
  另一方面，航空自卫队F15J飞翔员真木舜一（别所哲也），为了多点时刻陪同患有先天性疾病的儿子继梦决议辞去官职。在最终一次飞翔中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。可是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞翔员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中建立的BCST研讨室进行身体上的监视。此刻行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西招引而回来了。遭受THE ONE进犯而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己毅力的真木，跟THE ONE展开作战，可是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决议性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后呈现的生命体定名为“THE NEXT”。
  真木在从东京被护送回BCST研讨室的途中得知了儿子继梦入院的音讯,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的会面了。此刻,人类最大的危机呈现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而发生变异的"THE ONE"重返呈现在新宿的街道上,从口中宣布的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格现已被"THE ONE"替代,现已成为不能变回为人的状况。不过那样的有恸曾经与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，而且为了跟儿子继梦的约好，为了维护心爱的宗族，真木再次变身。那个姿势更加进化成巨大化40m，在直接部有像流血般的红色，两肘的特征是呈现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！